จนกระทั้งในปี พ.ศ. 2542 จากนโนบายการดำเนินงานสุขภาพจิตและการสนับสนุนทรัพยากรเพื่อให้ระบบการพ้ฒนางานประสานกับ ลักษณะโครงสร้างของสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณะสุข และสอดคล้องกับระบบของผู้ตรวจราชการที่มีอยู่ กรมสุขภาพจิต
จึงได้จัดตั้ง และปรับเปลี่ยนโครงสร้างของศูนย์สุขภาพจิตเดิมเป็นศุนย์สุขภาพจิตเขตขึ้นเป็น 12 เขต และเพิ่มเขตกรุงเทพมหานคร 1 เขต รวมเป็น 13 เขต แทน ทำให้มีการปรับเปลี่ยนจากศุนย์สุขภาพจิต 3 เป็น ศุนย์สุขภาพจิต เขต 6 แทน โดยยังคงมีบทบาทหน้าที่ เป็นศุนย์ข้อมุลข่าวสาน ประสานงาน กับเครื่อข่ายในพื้นที่ สนับสนุนการให้บริการด้านการส่งเสริมและป้องกันปัญหาสุขภาพจิต แก่ประชาชน พัฒนาเทคโนโลยีด้านสุขภาพจิตและจิตเวช ให้สามารถนำไปใช้ในท้องถิ่นได้อย่างครอบคลุมและเหมาะสม อันจะนำไปสู้งานบริการอย่าง บริการที่มีคุณภาพมาตรฐาน สืบต่อไป ......